En vertu du nouveau règlement de la Commission (UE) 2018/848 entré en vigueur en janvier 2021, les produits aquaponiques ne peuvent pas être certifiés biologiques dans l'Union européenne. Compte tenu des multiples composantes d'un système aquaponique, qui impliquent la culture de plantes dans des conditions hydroponiques, le recyclage des déchets de poissons et l'élevage de poissons dans des conditions artificielles, l'obtention de la certification biologique pour les produits est une question complexe dictée par de nombreux paramètres.