Alors que la filière aquacole connait un fort développement, on constate un accès restreint à l’espace et aux licences pour l'aquaculture. Les zones Natura 2000 peuvent accueillir des projets aquacoles. Les zones Natura 2000 ne constituent pas des réserves naturelles, les activités humaines y sont permises sous réserve de ne pas entraver la réalisation des objectifs de conservation sur ces sites. L’ensemble des sites couvre près de 18% de la superficie terrestre et marine de l’UE. Aussi on observe de plus en plus de cas d’implantation d’équipements aquacoles. Cette coexistence aurait des effets positifs pour l’ensemble des parties impliquées sur le site.